Lors de la séance de la Cour plénière du 5 juillet 2011, le Tribunal pénal fédéral a décidé une réorganisation de sa structure. Le Tribunal se compose désormais de deux cours; la Cour des plaintes, qui statuera tant sur les recours ayant trait au droit pénal que sur ceux se rapportant à l’entraide internationale en matière pénale, et la Cour des affaires pénales. Les 23 et 30 août 2011, siégeant en séance plénière, le Tribunal pénal fédéral a arrêté la composition de ses Cours à partir de janvier 2012. Les Cours seront composées comme suit :

Cour des plaintes
Stephan Blättler (Président)
Andreas J. Keller
Emanuel Hochstrasser (double affectation)
Tito Ponti
Giorgio Bomio Giovanascini
Roy Garré
Cornelia Cova
Patrick Robert-Nicoud
Nathalie Zufferey Franciolli

Cour des affaires pénales
Giuseppe Muschietti (Président)
Peter Popp
Walter Wüthrich
Emanuel Hochstrasser (double affectation)
Sylvia Frei-Hasler
Daniel Kipfer Fasciati
Miriam Forni
Jean-Luc Bacher
Joséphine Contu
David Glassey

Le 28 septembre 2011, les Chambres fédérales réunies ont réélu Andreas J. Keller Président du Tribunal et Daniel Kipfer Fasciati Vice-Président. Le 30 août 2011, la Cour plénière a confirmé Roy Garré en qualité de troisième membre de la Commission administrative.